目前为止，肺泡微结石症仍没有特别有效的治疗手段，临床上主要是有感染时采取抗感染和对症支持治疗，缺氧时进行氧疗等。
一、药物治疗
1、抗感染治疗：喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、莫西沙星，通过抑制细菌DNA旋转酶的活性，阻止细菌DNA的合成和复制而导致细菌死亡。β-内酰胺类药物，如哌拉西林等，通过抑制细胞壁粘蛋白合成酶，从而阻碍细胞壁粘蛋白的合成，导致细菌细胞壁缺陷、细胞膨胀和裂解，适用于肺泡微结石症合并细菌感染的患者。
2、止咳药物：常用药物有可待因和右美沙芬等，这些药物是中枢神经抑制药，通过控制咳嗽中枢来达到止咳的目的。可待因适用于剧烈干咳者，注意可待因具有成瘾性，避免反复使用，以免成瘾，右美沙芬是非成瘾性的药物。两种药物都不宜用于痰液多、黏稠的患者。
3、祛痰药物：常用药物有氨溴索、盐酸溴己新和乙酰半胱氨酸等，可以降低痰液的粘稠度，使痰液容易咳出。
4、平喘药物：常用药物有沙丁胺醇、特布他林、氨茶碱和异丙托溴铵等，这些药物通过作用于支气管平滑肌的β受体、M受体等发挥作用，可以解除支气管的痉挛，使呼吸通畅，适用于气促明显的患者。
5、钙代谢调节药物：常用药物是依替膦酸钠，该药物可以抑制羟磷灰石形成微晶体，抑制晶体形成和骨矿化的作用，可改善肺泡微结石症患者肺功能。但该药具体疗效尚未得到充分证实，药物可引起的骨折、佝偻病、下颌骨坏死等副作用。
6、糖皮质激素：糖皮质激素除在急性期可减轻肺水肿外，无法延缓疾病进展。
二、手术治疗
1、开胸手术治疗：肺泡微结石症一般无需手术治疗，若气胸同时伴大疱生成，则首选开胸手术治疗。
2、肺移植术：对终末期肺泡微结石症患者，肺移植是唯一有效的治疗方法，对右心衰及严重呼吸衰竭的病例依然有效，但对于肺移植时机的选择仍没有统一标准。目前相关报道较少，长期预后未知。