在发生尿路感染进行药物治疗的时候，需要根据不同的情况制定不同的治疗周期。如果是膀胱炎，对于初次发作的急性膀胱炎，治疗疗程是3-5天。如果是反复发作的慢性膀胱炎，治疗疗程是2-4周。如果是长期反复不愈的膀胱炎，需要长期使用口服抗生素4-6周甚至更长时间。在发生急性肾盂肾炎也就是细菌通过膀胱、输尿管，进入肾脏引起全身感染的时候，引起发热的时候，抗生素的治疗周期是至少2周，后续根据检查结果确定最终的治疗疗程，直到尿培养2次或者2次以上的培养结果是阴性的时候才考虑终止治疗。