乙醇消融治疗肝癌的主要反应就是疼痛和发热，还有轻度的乙醇毒性反应。1/4的患者会出现一过性疼痛、发热、轻度的乙醇毒性反应，25%-50%的患者出现血清转氨酶一过性升高。肿瘤体积大小与上述表现密切相关，越大的肿瘤，乙醇消融治疗后，因为量会增加，从而导致肿瘤坏死以及坏死组织吸收较多，会出现高热、上腹疼痛。
当肿瘤直径>3cm的时候，有67%的患者会出现中等程度的发热，75%的患者会出现腹部一过性疼痛，主要原因是无水乙醇反流入腹膜腔，引起无菌性腹膜炎，主要预防措施是延长流程时间。此外无水乙醇反流入门静脉或肝动脉后，导致血管内皮的损伤，会引起肝内的血管内微血栓形成，导致肝硬化。所以在治疗上充分考虑上述因素，治疗过程中要操作轻柔，避免出现上述并发症。