新生儿肺炎如果经过积极治疗和有效治疗，几乎很少留有后遗症。新生儿肺炎主要存在三个部分，产前是宫内感染，还有分娩过程感染、生后感染，可以由细菌、病毒、原虫、支原体发生感染。宫内和分娩过程中肺炎感染的新生儿占活产新生儿的0.5%，也就是大部分新生儿肺炎为生后感染导致，宫内感染的肺炎一般在刚出生以后会出现呼吸困难、呼吸暂停、呻吟、憋气，没有咳嗽，这样的孩子肺部听诊能听到啰音或呼吸音减弱，严重的可以发生发绀、呼吸衰竭等情况，如果经过积极、有效的治疗，一般肺部的后遗症很少。
如果有非常严重的宫内感染性肺炎，需要呼吸机支持治疗，长时间的呼吸机支持治疗可能会造成肺部纤维化，甚至合并持续肺动脉高压或肺出血，有可能有肺部损伤后遗症。生后感染的肺炎一般在住院治疗期间肺部感染较重，合并出现肺脓肿、胸腔积液、呼吸和心力衰竭等情况，但是经过积极、有效治疗以后基本上能治愈，很少有因为肺炎导致全身多脏器的衰竭、死亡及留有后遗症。