上颌骨囊肿开窗手术需要在全麻下进行，术区局部进行浸润麻醉，减少出血，在上颌双尖牙远中沿前庭沟切开牙龈，直达骨面，剥离骨膜，掀起黏骨瓣后暴露牙槽骨面。使用超声骨刀切开，取下薄弱的骨壁后，轻柔的分离壁膜，将囊肿完整摘除后填塞骨粉，放置碘仿纱条，缝合关闭创口，并进行橡皮条引流。
全身应用头孢类、硝基咪唑类药物，及地塞米松，促进消炎、消肿。因上颌窦开窗手术可引起剧烈肿痛，必要时需使用双氯芬酸钠等止痛药物，1-2周创面愈合后分次拆除缝线。