精神疾病的原因目前还不是很清楚，大致有遗传方面的因素，有很多经精神疾病跟遗传因素有关系，家族成员亲属有患病，其他一级成员患病率明显提高。还跟中枢神经系统的发育有关系，有一些疾病中枢神经系统可能会有异常，影像学发现有异常的改变。另外，有跟中枢三大神经递质，像多巴胺、5-羟色胺、去甲肾上腺素的功能活动有异常，像多巴胺功能亢进精神分裂症症状表现有关系，去甲肾上腺素、5-羟色胺跟抑郁症、焦虑症的发病有关系。
还有很多精神疾病与心理社会因素有关系，例如有分离转换障碍、抑郁症，以及其它有些神经症跟社会心理因素有明显的关系。所以在治疗上要根据不同的疾病，治疗的手段不一样。目前具体精神疾病的原因还不是很清楚，但是有很好的治疗手段能够治疗多种精神疾病。