巧克力囊肿即子宫内膜异位囊肿，一旦出现要根据情况来选择治疗方式，通常患有子宫内膜异位囊肿的女性会出现不孕等表现，有些人是因为不孕检查发现的。如果是不孕的女性出现巧克力囊肿，建议尽快进行腹腔镜治疗，这样才能够使得不孕缓解。
没有生育要求的女性，就要根据巧克力囊肿的情况来决定。如果是比较小的囊肿，症状不是很明显。囊肿<5cm，有些女性又不能马上结婚生育，常常可以选择一些药物治疗或者是期待疗法，观察囊肿大小。如果是育龄女性，囊肿比较大时，特别是5cm以上，子宫内膜异位比较明显，建议腹腔镜手术，同时术后要予以后续治疗。