植物神经功能紊乱属于功能性疾病，在诊断的时候需要排除器质性的疾病以后才能够诊断本病，可以通过医生进行查体。因为植物神经功能紊乱会导致患者出现多个系统的症状，所以需要进行全面的体格检查，包括神经系统、心血管系统，呼吸和消化系统，通过血常规生化全项影像学的检查，排除器质性疾病以后做一些特殊的检查。
比如说患者卧立位试验是阳性，可以作为诊断的依据。还有就是患者发汗试验，也是检查植物神经功能紊乱的方法之一，竖毛反射、皮肤划痕试验，这些试验如果是阳性，就可以考虑是植物神经功能紊乱。植物神经功能紊乱应该与器质性疾病，比如说心律失常、胃溃疡或者是脑血管疾病来进行鉴别。