室间隔缺损比较严重，可以导致人体组织缺血、缺氧，影响正常活动。最严重时室间缺损较大，可以导致心力衰竭。在同等大小缺损情况下，室间隔缺损更为严重。
心脏左右心室之间压力差较大，如果缺损程度较大，左侧心室血液经过异常通道射入右侧心室，导致右心室压力增加，再进展会出现右心压力大于左心，右心室内缺乏氧气的血液会进入到左心室。在其收缩时，这些血液会被运送到全身各处，由于这部分血液缺乏人体组织代谢必要的氧气，造成人体各器官组织代谢异常。室间隔缺损发生后，左心室的压力会持续传导到右心，右心负荷加重。右心为适应正常的功能，通过加强肌肉收缩可以导致右心肥厚，引发右心衰竭。