肛门溃疡具体用药还是需要根据诱因来选择，如果肛门溃疡是由于反复粪便挤压导致肛门反复的裂开形成，也就是存在肛裂，这种情况可以局部外用龙珠软膏或者马应龙痔疮软膏来治疗，如果肛裂是陈旧性肛裂形成的溃疡面还是需要手术切除。
如果肛门溃疡是由于反复的肛门周围炎引起，是细菌感染导致，可以外用百多邦软膏来治疗，如果有必要还需要静脉使用抗生素来治疗。
如果肛门溃疡是由于肛门周围癌引起的，那么通常是需先采用手术来切除，然后根据情况需要放化疗来处理。