非典型自闭症治愈也很困难，这种疾病是自闭症的典型症状不全部具备，只有部分的症状治疗与典型的自闭症治疗方案相似。如果有精神症状，可以合并用抗精神症状的药，主要以康复训练为主，目前治疗有ABA的训练方法，如果合并有多动，可以用托莫西汀以及哌甲酯治疗。
如果有焦虑、强迫的症状，可以使用抗强迫、抗焦虑的药物治疗。典型的自闭症的患者主要表现有社会交往障碍、语言障碍，以及刻板、重复的行为动作，可以伴有智力障碍和精神症状。刻板重复动作即在一个地方站着不动，或者有机械的动作，观看物体的某一个属性。交往障碍是不能和父母、小朋友，建立很好的依恋关系和伙伴关系。有语言障碍主要是不能理解别人的意思，稍微复杂的语言不能理解，不能理解人称代词，如你、我、他。患者需要及早治疗、及早进行康复训练，对预后都有非常好的帮助。