直肠息肉的病因尚不清楚，考虑与遗传、生活方式、饮食等诸多因素都有关系。其他的基本病因有炎症、感染因素和遗传因素，其中炎症、感染因素指的是直肠黏膜在长期慢性炎症刺激下，可以导致黏膜的异常增生，比方肠道病原菌感染、炎症性的肠病，如溃疡性结肠炎等。遗传因素是某些息肉病是明确的与遗传因素相关，如家族性遗传性息肉病、PJ综合征等，这两者均为常染色体显性遗传性疾病。
直肠息肉还有诱发因素，年龄增长是直肠息肉的主要诱因之一，而肥胖也会导致直肠腺瘤的发病风险明显增加。其它常见的诱因有长期食用大量的腌制、油炸食品或肉制品，还有就是吸烟、酗酒等不良生活习惯也是能够诱发直肠息肉的。当然，平常要养成良好的排便习惯，不要憋便，对便秘要积极处理，防止大便的长期刺激、摩擦，而导致息肉的发生，甚至是癌变。