肥厚型梗阻性心肌病肥厚的部位大致在心室的肥厚，尤其是在室间隔部位肥厚。肥厚型心肌病的患者一部分肥厚的部位并不十分典型，也可以出现在左心室心尖部位。
肥厚型心肌病心室的肥厚一般是不对称的，一般室间隔肥厚而左室后壁肥厚的并不十分明显。而肥厚型梗阻型的心肌病，一般是在左室流出道出现梗阻，结果会造成左心室的舒张功能下降，从而导致病人出现胸闷、气短等相关的症状。此外，一部分还会出现晕厥症状，一般是在运动时出现的，这与室性的快速心律失常有一定的关系，这种疾病也是青少年和运动员猝死的最主要原因之一。治疗方面可以考虑酒精室间隔消融术或者起搏治疗，必要时也可以考虑室间隔切除手术。