对于阑尾黏液性囊腺瘤最有效的治疗方法为手术切除，手术切除范围合理，一般很少复发。手术应切除病变及周围组织，术后定期复查。术前作出正确诊断有助于防止术中破裂引起腹膜假黏液瘤，术后加强抗炎和支持治疗，应用化疗药物对肿瘤细胞发挥杀伤作用。
一、药物治疗
1、顺铂：能与DNA结合，引起交叉联结，从而破坏DNA的功能，并抑制细胞有丝分裂，为一种细胞非特异性药物。该品抗瘤谱较广，可杀伤肿瘤细胞。
2、优福定：主要用于消化系癌、乳腺癌及甲状腺癌等，不良反应主要为消化道反应及骨髓抑制，但对血像影响轻微。
二、手术治疗
对于良性的黏液性囊腺瘤完整切除阑尾是惟一的治疗。治疗手术应切除病变组织，并做病理检查。
1、瘤切除术：将包括囊肿在内的阑尾切除。手术中操作应轻柔，用敷料将囊肿与周围组织隔开，尽量不使囊肿破裂。而对于恶性黏液性囊腺瘤，多数学者认为应行右半结肠切除，以达到根治的目的，若根部受累或与盲肠粘连应切除一部分盲肠为宜。对于伴有卵巢黏液性囊腺瘤或囊腺癌者，应同时切除卵巢。
2、腹腔热灌注化治疗：早期阑尾黏液性囊腺瘤或者癌变就是行肿瘤灭活术及术中术后的腹腔热灌注化疗，可大大减少其复发。如果此次手术清除彻底，就可以尽早进行腹腔热灌注化疗。如果不是很彻底，鉴于这种早期阑尾黏液囊腺瘤有治愈可能，故建议近期重新手术并加术中术后早期的连续腹腔热灌注化疗。