小脑萎缩目前尚无特效的药物，目前治疗小脑萎缩主要是根据不同的病因，给予相应的对症治疗，如慢性酒精中毒所引起的小脑萎缩，可以给予大量的B族维生素，像维生素B1、B12或者甲钴胺。
而多系统萎缩，或者遗传性的脊髓小脑性共济失调的患者引起的小脑萎缩，可以吃一些营养神经的药物，如胞二磷胆碱、艾地苯醌、丁苯酞等药，对于小脑萎缩有一定的疗效，但是也不能改变这种疾病的进展。
对于其他原因引起的小脑萎缩，像亚急性的小脑炎，还可以治疗原发病为主。因此小脑萎缩目前尚无特效的药物治疗，多采用对症治疗。