溃疡性结肠炎的治疗是根据疾病的严重程度、病变累及的范围，以及疾病类型来制定治疗方案。对于轻度溃疡性结肠炎，可以用美沙拉嗪或者柳氮磺吡啶来诱导以及维持缓解。
对于中到重度的溃疡结肠炎首选的是糖皮质激素来诱导缓解，如果效果不好有可能需要用环孢素甚至是生物制剂，比如抗肿瘤坏死因子，如类克来诱导缓解。
除了诱导缓解以外，溃疡性结肠炎的维持治疗至关重要，也就是溃疡性结肠炎绝大多数是不能停药的，即使是对初发病例也需要用药3-5年。维持治疗，对于中到重度的溃疡性结肠炎，有可能需要硫唑嘌呤来维持治疗。
如果经济条件好，也可以用类克来维持治疗。溃疡性结肠炎的治疗是长期的，并且不能随随便便的停药，这样有可能会导致疾病复发，或者严重的并发症，所以一定要在大夫的指导下规律用药。