临床上确诊的慢性乙型肝炎的患者需要进行抗病毒治疗，目前指南推荐的抗病毒药物包括恩替卡韦、替诺福韦以及丙酚替诺福韦。丙酚替诺福韦适合肾功能不佳的老年男性，副作用较少，大部分患者通过口服抗病毒药物后可以控制乙肝的发作，只有少部分患者会出现病毒药物耐药的情况，需要联合治疗。
另外，慢性乙型肝炎的患者还需要定期复查肝功能，建议每三个月一次，并且要进行乙肝病毒DNA的检测，如果肝功能反复出现，转氨酶升高还需要口服保肝、降酶的药物联合治疗，大部分慢性乙型肝炎的患者通过抗病毒及保肝治疗，都能够控制肝炎的发作，只有少部分的人群会出现反复的肝炎发作，转变为肝纤维化，甚至肝硬化。