HLA-B27阳性不一定是强直性脊柱炎，在正常人群中也会有6%-8%的HLA-B27阳性率。在其他的血清阴性脊柱关节病中，反应性关节炎大约有60%-80%，伴有HLA-B27阳性，其他比如克罗恩肠病，银屑病关节炎，也会有50%左右的患者出现HLA-B27的阳性。
目前对于强直性脊柱炎的诊断，主要依靠的是临床的症状，以及放射学的诊断标准，尤其是骶髂关节的影像学改变，几乎全部患者在早期就可以表现为骶髂关节的影像学改变。