腹主动脉瘤支架术后主要并发症有四种，即内瘘、肾动脉闭塞、腹主动脉瘤腔内隔绝术后综合征、缺血性肠炎。内瘘主要是因为使用的支架与瘤体本身不能完全密合，导致血液仍可能通过未密合的区域进入瘤腔，就会使腹主动脉瘤继续增大，这种情况分不同位置以及情况，有部分人会进行逐渐减轻，最后在动脉瘤内形成血栓而痊愈。
但有些人需要在瘤腔内继续放置弹簧圈的方法，使内瘘减轻或消失。对于腹主动脉瘤放置支架的位置，可能导致其他部位供血血管堵塞，如出现肾动脉闭塞，以及出现缺血性肠炎。而且可能由于放置物会造成全身系统性的炎症反应，称为腹主动脉瘤腔内隔绝术后综合征。