假单胞菌感染需要鉴别的疾病有细菌性肝脓肿、肺炎等。
1、细菌性肝脓肿：阿米巴性肝脓肿有阿米巴病史，起病缓慢，病程较长，肝脏肿大与压痛较显著，可有局部隆起，脓肿常为大型、单个，预后相对较好。细菌性肝脓肿常继败血症或腹部化脓性疾患后发生，起病急，毒血症状明显，肝脏肿大不明显，局部压痛亦较轻，一般无局部隆起，脓肿以小型、多个多见。肝穿刺、血象等可辅助鉴别。
2、肺炎：肺炎指终末气道、肺泡和肺间质（即支气管壁周围组织）的炎症，可由病原微生物、理化因素、免疫损伤、过敏及药物所致。临床主要症状为发热、寒战、咳嗽、咳痰，可伴有胸痛、呼吸困难等。细菌性肺炎是最常见的肺炎，也是最常见的感染性疾病之一。