胆管囊肿严重与否主要取决于是否出现严重的症状，以及胆管囊肿的类型是否能够在手术治疗中达到根治，还有手术后的恢复情况相关。
如果胆管囊肿的分型比较简单，能够给予手术达到根治性的切除，术后恢复良好，没有相应的并发症，一般情况并不严重。
但如果胆管囊肿经过长时间的发育，出现了相关的严重症状，如腹痛、腹部包块、黄疸、严重的感染，甚至出现感染性休克，这种情况就相对比较严重。
如果胆管囊肿的分型属于Ⅳ型或者Ⅴ型，左右肝内胆管均有明显的多发囊肿，这种情况下就比较难根治，所以相对比较严重。
因为胆管囊肿是有一定癌变的概率的，没有办法根治时，癌变的因素一直存在，需要密切的随访、复查，以预防后期癌变的风险。