IgA肾病的治疗需要根据不同的临床表现及病理改变来决定，原则上包括防治感染、控制血压、减少蛋白尿、保护肾功能，避免劳累、脱水和使用肾毒性药物，要定期复查。
对于扁桃体发炎导致反复发作肉眼血尿的患者建议行扁桃体摘除，可以降低部分患者的蛋白尿和血尿。对于血压正常、肾功能正常，单纯镜下血尿病理改变轻微的IgA肾病的患者，不需要特殊治疗，但需要定期复查。
对于血尿伴有少量蛋白尿的患者，首选血管紧张素受体阻滞剂和血管紧张素转化酶抑制剂来治疗。对于大量蛋白尿的患者，需要采用激素或激素联合免疫抑制剂治疗。对于已经出现肾功能损害的患者，还要积极防止肾功能进展。