多囊卵巢综合征是种特殊的疾病，原因并不十分清楚。其发病因素目前认识仍然不一致，可能与以下因素有关，肾上腺皮质功能出现旺盛时，也就是多囊卵巢综合征常起病于青春期，在初潮前两年，肾上腺皮质功能可以导致雄激素增多，这时可以发生多囊卵巢综合征。
胰岛素抵抗和高胰岛素血症，也可以造成多囊卵巢综合征。遗传因素也是导致多囊卵巢综合征的重要原因，部分多囊卵巢综合征的患者，存在明显的家庭聚集性，主要以常染色体显性方式遗传。研究表明多囊卵巢综合征候选基因位于19P13.3区域，这是由于基因导致的多囊卵巢综合征，总之，多囊卵巢综合征的病因并不十分清楚。