肥厚性梗阻性心肌病的治疗，包括药物治疗以及手术治疗两方面。药物治疗是患者服用β受体阻滞剂倍他乐克和钙离子拮抗剂，如地尔硫卓，以减慢心率，减少心肌收缩力，减轻梗阻。手术治疗包括采用室间隔化学消融的手术，手术过程是应用酒精使冠脉的间隔支动脉闭塞，室间隔部分心肌坏死，解除流出道的梗阻。对于梗阻严重的患者可以行外科手术治疗，对室间隔行部分切除，效果很确切。