细菌性结膜炎是由于细菌感染所引起的结膜炎症，所以在治疗上主要是使用抗生素来治疗。一般来说，首选含有抗生素的滴眼液，比如氧氟沙星滴眼液、氯霉素滴眼液、妥布霉素滴眼液等等，在使用滴眼液之前要将双手清洗干净。
如果症状比较严重，也可以加上口服的抗生素同时使用，比如口服阿莫西林、罗红霉素、阿奇霉素等等，反复发作的结膜炎还可以做药物敏感性试验。在使用药物治疗的同时也要注意眼周卫生，尤其是不能用手揉眼睛，避免导致症状的加重。另外，也可以使用热毛巾敷促进炎症吸收，在饮食上要注意不能吃辛辣、刺激的食物，鱼、虾、蟹这样的发物也不能吃。