肺念珠菌病主要通过吸入，也可通过血源性感染。吸入(原发)性感染多因定植于口腔和上呼吸道的念珠菌在机体防御机制削弱时吸入致病。在念珠菌定植、中心静脉导管、外周静脉高营养、ICU患者接受肾脏替代治疗、粒细胞缺乏、置入人造装置、使用广谱抗生素和接受免疫抑制剂治疗、胃肠道或心脏外科手术、住院时间延长、HIV感染、糖尿病等易发生血源性肺念珠菌病。此外，较少见的是先天性肺念珠菌病，系新生儿出生时经产道获得的感染。
1、念珠菌进入肺部被吞噬后，在巨噬细胞内可长出芽管，穿破细胞膜并损伤巨噬细胞，尚可产生致病性强的水溶性毒素，临床上引起休克。
2、某些念珠菌能分泌毒素和水解酶破坏组织，当人体免疫防御功能下降时，念珠菌可侵入呼吸道引起内源性感染。