首先小儿生殖器疱疹往往是由于大人传染而导致的，最常见的就是母婴传播，还有就是孩子在与大人共同生活的时候接触到了生殖器疱疹患者一些分泌物而导致传染上生殖器疱疹。
对于母婴传播而导致的新生儿生殖器疱疹患者往往都是比较严重的，患者除了会有明显的疱疹表现，还会伴有全身症状，比如发烧以及各种各样的脏器功能损害。对于这样的患者，首先应用的是抗病毒的药物，但是患者还需要进行对症处理，比如治疗细菌的药物以及脱水，降低颅内压，进行正规的营养支持等都是应该同时进行治疗的。
患者如果有明显的皮肤损害，一定要保护以避免进一步感染的情况发生。而对于单纯在生殖器部位发生的疱疹，并没有特别的严重，还是要进行正规的抗病毒治疗，同时配合抗病毒类的软膏进行外涂。