HLA-B27阳性不一定是强直性脊柱炎，HLA-B27与多种脊柱、关节病相关，尤其是与强直性脊柱炎高度相关。强直性脊柱炎患者的阳性率在我国可达90%以上，在正常人群也会出现5%-10%的阳性率，就说明若HLA-B27为阳性，也不一定可以诊断为强直性脊柱炎，同样即使HLA-B27阴性，也不能完全排除强直性脊柱炎。
HLA-B27的结果需要结合强直性脊柱炎的表现判断，有助于强直性脊柱炎的早期诊断、早期治疗和延缓前直性脊柱炎的进展。因此，HLA-B27主要用于强直性脊柱炎的早期诊断，但不是唯一或绝对的诊断指标。强直性脊柱炎还根据症状，还有骶髂关节的情况等判定，具体需要结合影像检查，如X线、CT，还有一些临床症状才能判定。