肌张力障碍的病因可以分为原发性肌张力障碍和继发性肌张力障碍，部分原发性肌张力障碍患者是由于遗传因素所造成，如多巴胺反应性肌张力障碍，常常是染色体显性遗传，有明显的家族遗传性。
而继发性肌张力障碍是继发于其它疾病所造成，常见的有脑血管病，如病变侵犯基底节区可能会出现继发性肌张力障碍，表现为肌张力增高，呈折刀样肌张力增高，部分变性病的患者，如帕金森综合征、肝豆状核变性、进行性核上性眼肌麻痹等，都可以造成肌张力障碍。
当然还有些感染中毒性疾病，如一氧化碳中毒也可以造成继发性肌张力障碍。有些药物如左旋多巴、胃复安等，也可以造成继发性肌张力障碍。