肾移植手术的禁忌症包括绝对禁忌症和相对禁忌症，绝对禁忌症有全身性的严重感染、活动性肺结核、活动性溃疡病、活动性肝炎或者肝功不良，还有顽固性心力衰竭、慢性肝功能衰竭。
肝肾移植联合除外，还有凝血功能障碍、精神病、急性动脉周围炎、散在恶性肿瘤、弥漫性血管炎，还有草酸病，这是绝对手术禁忌症。
相对手术禁忌症包括活动性肝炎、胃十二指肠球部溃疡、难以控制的糖尿病、活动性肺结核，以及系统性红斑狼疮、实体器官的恶性肿瘤。