1、生化检查：遗传性果糖不耐受症患儿生化检查中血中果糖浓度明显上升，血葡萄糖、血磷、血钾浓度降低，血镁、血尿酸、丙氨酸、乳酸浓度升高，当累及肝脏损伤时，可出现转氨酶升高、凝血功能障碍。
2、尿常规：遗传性果糖不耐受症患儿累及肾脏损伤可出现蛋白尿、氨基酸尿等。
3、静脉果糖耐受性实验：是一项有效的诊断方法，但具有一定风险性，遗传性果糖不耐受症患儿表现为果糖负荷后的低血糖及低磷血症，操作过程中应密切关注患儿反应，在婴幼儿及比较重症患儿中因可引起致命性低血糖而慎用。
4、组织活检：是确诊依据，肝脏组织活检直接测定醛缩酶B活性，显示活性明显降低，但因肝脏醛缩酶B的分离纯化比较困难，且费时费力，难以用于临床常规诊断。
5、31P核磁共振分光镜：可以测定肝脏中的磷酸化糖类及无机磷酸盐的浓度变化，可见明显减少，用于诊断果糖不耐受及监测遗传性果糖不耐受症患儿忌果糖饮食的顺应性。
6、果糖呼气实验：这是一项安全的无创检查，口服50g果糖测定服糖前后不同时间点呼气中氢气及甲烷的含量，若服糖后的气体浓度较基线明显增加，提示果糖吸收不良，可以作为筛查，但特异性有待进一步证实。
7、基因诊断：遗传性果糖不耐受症作为一种致病基因已明确的遗传性疾病，醛缩酶B基因突变鉴定可作为遗传性果糖不耐受症的临床诊断必要补充，并可能为该疾病的早期诊断和临床干预提供依据。