结石的治疗首先取决于结石的大小，通常小于0.6cm的结石，排石成功率比较高，可以实行药物排石，也就是在多运动、多饮水的基础上配合排石药和输尿管解痉药来促进结石的排出。1cm左右的结石可以选择体外碎石治疗，体外冲击波碎石安全简便，不需要住院，费用相对低，是一个比较好的碎石方法，但是偏大的结石，比如1-2cm之间的结石，建议选择输尿管镜治疗，输尿管镜属于微创手术，经尿道进入膀胱进入输尿管甚至可以进入肾盂，把大块结石击碎，易于排出。超过2cm的结石建议采用经皮肾镜碎石取石的方法，碎石效率高，碎石比较快速，一次性清除的成功率比较高。
另外，结石是否与组织发生粘连也是选择治疗方法很重要的因素，如果结石停留时间过长，与输尿管等组织发生了粘连，通常只有手术的方法才能解决。不管采用哪种治疗方法，都要注意多饮水，还要注意饮食结构，避免高尿酸、高草酸、高糖、高蛋白这类的饮食，还要定期复查，防止结石很快又复发。