病毒性脑炎在通过积极的治疗之后不会留下后遗症，虽然大部分孩子在经过治疗之后都能取得良好的临床效果，但是一些症状比较严重的患者在经过治疗之后可能会留下大小程度不等的后遗症，因为脑膜炎会损伤大脑的皮层，并且这种损伤是永久性的，是没有办法治愈的。临床上比较常见的脑膜炎出现的后遗症就是癫痫以及认知障碍和学习困难等，部分孩子还会出现反应迟钝。