药物不良反应和感染是最常见引起急性间质性肾炎的原因，
急性间质性肾炎也可以没有任何致病因素，称为特发性急性间质性肾炎。此外，自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、干燥综合征、移植排斥反应、恶性肿瘤、代谢、遗传，及理化因素等都可以引起急性间质性肾炎。
引起慢性间质性肾炎的原因也很多，包括遗传性疾病如家族性间质性肾炎，药物性肾病如非甾体消炎药，梗阻性肾病、反流性肾病、慢性肾盂肾炎等都可以引起慢性间质性肾炎。
重金属中毒、放射性肾病等，也可以引起慢性间质性肾炎。还有系统性疾病如系统性红斑狼疮、干燥综合征，代谢性疾病如尿酸性肾病、高钙性肾病等，都可以引起慢性间质性肾炎。