乳糖不耐受的症状个体差异很大，与小肠黏膜残余的乳糖酶活性、进入肠道的乳糖量、胃排空的速度、肠道细菌、发酵乳糖等能力有一定的关系，主要临床表现为腹胀、肠鸣音、亢进、肠绞痛、恶心、呕吐等胃肠道症状，食物中的乳糖在小肠内不能被乳糖酶完全消化吸收而滞留于肠腔内，使肠腔内的内容物渗透压增高、体积增加、胃排空加快，产生这些胃肠道的症状。
部分患者胃肠道运动减弱，出现便秘，症状的严重程度与进食乳制品量相关，因此也有不少的患者可耐受一定量的乳制品，不会出现明显的症状。具体耐受性因人而异，在婴儿、成人都可能发生这种症状，出现乳糖不耐受症状时应该去医院进一步的诊治。