食管癌的普查方法主要是食管脱落细胞学检查和食管镜检查，其中食管脱落细胞学检查比较简便且安全，病人的痛苦也比较少，其准确率可以达到90%以上。如果食管脱落细胞学检查结合食管镜检查，就可以作为食管癌诊断的依据，通过食管的脱落细胞检查可能会筛查出一些早期食管癌。此种食管脱落细胞检查，主要缺点是脱落细胞采集器无法通过重度狭窄和梗阻的食管，而脱落细胞学检查也难以对食管癌细胞进行准确分级。
当食管癌病变有出血或出血倾向，甚至是伴有食管静脉曲张时，禁忌做食管拉网细胞学检查，该方法也不适合用在食管癌有深的溃疡，或者伴有严重高血压、心脏病和晚期妊娠的病人。临床上已经伴有食管癌相应的梗阻症状，或者是高度怀疑患有食管癌时，建议进行食管镜检查，能够通过食管镜取组织进一步做病理检查明确诊断。