房间隔缺损的症状主要与缺损的大小有关，一般而言，不大的缺损可以没有明显的症状，孩子的发育也不受影响。而对于比较大的缺损，在孩子刚出生后由于肺血管的阻力高，可以出现一过性的紫绀，或者在孩子哭闹憋气的时候出现青紫，随着孩子的变大，肺血管阻力的逐渐降低，经过房间隔缺损左向右的分流引起的症状逐渐成为主要表现，孩子可以表现为容易患感冒肺炎，不过由于房间隔缺损发生气喘和呼吸困难等严重症状的并不多见，少数孩子还可以表现为体重不增，瘦弱。随着左向右的分流造成的影响导致肺血管损害的发生，病人可以逐渐出现肺动脉高压和右心的扩大和肥厚。而出现大的房间隔缺损的患者，如果没有及时治疗，发生右心房扩大后，远期可有70%以上的患者会出现房颤心律。大的房间隔缺损，随着病人年龄的增大，在中年以后可以引起病人出现心悸，气喘，严重的时候尤其是妊娠等可能会引起右心功能不全的表现。随着病变的进一步进展，肺动脉压力进一步增高，当出现右向左分流时，病人可能会出现紫绀，气喘，劳动耐量下降，生活质量也会下降，一部分病人也可能会出现咳血，这在临床上称为艾森曼格综合症，此时病人已经丧失了手术机会。