咽峡炎主要见于3-10岁的儿童，好发于夏秋季节，同一患者可以多次发生，每次由不同类别的病毒引起。潜伏期一般是3-10天，多以突发的高热开始，24-48小时可以达到高峰，升至39度-41度之间。伴有头痛、咽部不适、肌肉疼痛等，婴幼儿常常伴有呕吐、拒食，进而发生高热惊厥。
但是大多数都是轻型的病例，具有一定的自限性，1-2周之后可以好转。但是过度疲劳、营养不良、压力过大、情绪低落、环境卫生条件差、维生素缺乏以及胃肠道疾病，都可以诱发咽峡炎的发生。