甲沟炎的治疗要看其具体诱因，如果是急性发作者，可以用百多邦外涂，同时吃抗生素如头孢克洛等，连续用一个星期。这两个药同时用，对于异物、外伤、嵌甲等因素导致的甲沟炎效果很好。
如果甲沟炎疼痛明显，或者伴有发热症状，单纯内服抗生素作用弱，需要去医院外科用抗生素静脉滴注。
另外，如果反复发作甲沟炎，多数与指甲修剪过度，而导致指甲生长变形，形成嵌甲有关，这种甲沟炎最佳治疗办法是在炎症得到控制后，去医院外科做拔甲手术，一劳永逸。