飞秒激光相比准分子激光，制作的角膜瓣更加准确可靠，离散度更小，可以更好的保留角膜生物力学特性，减少角膜扩张的风险。最新一代的飞秒激光更加安全稳定，并且扫描速度更快，从而使手术的效率提高，更加完善。现在比较流行的飞秒激光手术方式有飞秒激光基质透镜切除术、微小切口透镜切除术，两者制作的角膜瓣都可以达到70-80μm，比传统的角膜刀制作的角膜瓣90μm，厚度减少了10-20μm。