慢性结肠炎患者的病情比较迁延不愈，患者一般是有腹痛或者是大便习惯改变，比如腹泻以及便秘相交替等等。如果患者的病情并不是很重，可以使用修复肠道黏膜的药物，比如谷氨酰胺肠溶胶囊，同时再加用一些益生菌类的药物，患者的症状一般就可以缓解。
如果患者的症状比较重，有明显的腹痛、腹泻的症状，这个时候是需要卧床休息，并且需要全身支持治疗，补充液体及维持水电解质平衡的。同时，还需要抗感染治疗，特别是对于患者明显的腹痛、腹泻的患者，需要用柳氮磺吡啶、水杨酸制剂等，在临床上可以有艾迪莎美沙拉秦等选择。
同时如果患者的一般情况比较差，有贫血的状态，可能还需要输血或者是补充白蛋白等等。