因为儿童先天性心脏病的具体原因还不清楚，通常认为是环境因素和遗传因素等综合原因造成的，还没有找到明确的致病原因，所以想彻底预防儿童先天性心脏病很困难。
但是有些高危因素要注意，可能会减少先天性心脏病的发生。比如在怀孕期间要及时补充叶酸，并且在怀孕期间注意预防风疹、流行感冒等病毒感染，并且孕期不要随便吃药。还有就是孕妇的年龄，尽量适龄怀孕。
如果是高龄产妇，先天性心脏病发生的概率就会更高。在怀孕期间尽量少接触放射性的物质，包括尽量避免污染的环境等，对于先天性心脏病的预防有帮助。孕期尽量多吃新鲜蔬菜和水果，注意定期孕检，像唐氏筛查等等要及时检查等。