复杂性肛瘘在早期，可以选择口服药物治疗，比如口服抗生素抗感染治疗。但是，复杂性肛瘘最根本的治疗方法是手术治疗。平时常用的手术方式，主要包括手术切开挂线疗法。因为复杂性肛瘘涉及到的肌肉比较多，如果只是单纯的切开，很容易损伤肌肉过多，影响到肛门括约肌的功能。所以，要在保护括约肌的前提下，尽量的根治复杂性肛瘘。复杂性肛瘘一定要积极的治疗，否则很容易引起高位复杂性肛瘘。复杂性肛瘘在手术以后，要及时的换药，才能够注意观察手术创面的生长情况，发现问题及时处理，避免假性愈合的发生。