感染性心内膜炎最关键的就是要抗感染治疗，这是治疗感染性心内膜炎最重要的措施。在抗生素选择方面，一般情况下都是针对金黄色葡萄球菌以及肠球菌感染的抗生素。
结合血培养结果，选择敏感的抗生素，一般情况下选用大剂量的青霉素以及氨基糖甙类的药物。要积极的进行血培养以及血清学检查，明确感染的病原菌，调整抗感染的药物。
如果选择的抗生素效果不好，可以改用万古霉素或者头孢菌素，用药时间要比较长，根除细菌要彻底。出现严重的并发症需要手术治疗，比如瓣膜穿孔、破裂、腱索断离，出现难治性急性心力衰竭的时候有可能需要手术。