慢性直肠炎病程较长，容易造成营养成分的损失，推荐每日摄入高蛋白、高营养、低脂肪、富含维生素和微量元素的饮食配方，主食要精加工，以免增加胃肠道的负担。生活中注意保暖，避免疲劳，可服用小檗碱、元胡止痛片、胃肠灵。药物可用于治疗，常用药物有硫酸庆大霉素、碳酸铋胶囊、柳氮磺吡啶、胃肠宁等药物，也可以使用庆大霉素溶液或中药灌肠治疗。
考虑到患者是慢性病，还要从饮食的生活调理，到生活规律，饮食清淡，多吃蔬菜和水果，避免油腻、辛辣的食物，避免烟、酒的刺激。慢性肠炎容易引起并发症，如肛门炎症、缺铁性贫血等，需要及时治疗，所以慢性直肠炎的治疗方法有很多。