尖锐湿疣通过药物和物理治疗的联合治疗较有效，目前治疗包括医院外治疗和医院内治疗，患者往往都需要多次治疗，目前没有公认的最佳的治疗方案，也没有某种适合所有患者的治疗方案。医院外治疗及医院内治疗具体如下：
1、医院外治疗：是指患者在家自行治疗，主要是应用药物治疗，应用咪喹莫特乳膏等局部治疗。
2、医院内治疗：是指患者在医疗机构由医生开展的治疗，主要是物理治疗和手术治疗。医生会根据皮损的大小、数量、位置、治疗花费、治疗副作用和患者治疗经历等因素，来制定个体化的治疗方案，采取综合防治策略，达到最满意的疗效。为了增加疗效，临床医生有时会联合治疗，例如同时选择医院外和医院内治疗。