细菌性痢疾的并发症主要有：1、痢疾杆菌菌血症，目前比较少见，主要见于营养不良的儿童和免疫功能低下的患者，在发病1～2天后出现病死率比较高（46%）。2、溶血性尿毒综合症，是一种比较严重的并发症。主要表现为急性溶血性贫血、少尿，甚至无尿，尿素氮急剧升高，血小板减少。另外，还有一些其它少见的并发症，如血栓性血小板减少性紫癜，反应性关节炎，Reiter综合症等。后遗症包括：持续性肠功能紊乱，肠易激惹综合症以及神经系统后遗症，如耳聋、失语及肢体瘫痪等。