颅底凹陷症的治疗方法主要是手术治疗。手术方式主要包括后颅窝减压手术，硬脊膜硬脑膜扩大减张缝合手术，必要的时候还要做脑积水以及脊髓空洞症的内引流手术。一般来说，像这种疾病，早期发现，早期诊断，早期手术治疗，疗效比较理想。所有的手术都不能够彻底的治愈这种疾病，只能够延缓病情逐渐加重，阻止病情进一步发展。如果没有尽早手术的话，可能预后不良。