高位肛瘘相对低位肛瘘来说，治疗上比较困难。因为高位肛瘘，除了瘘管行程比较长，比较复杂之外，还可能存在着多个内口或者多个外口的情况。因此，高位肛瘘在治疗之前应当进行完善的检查，包括磁共振、肛瘘造影来详细了解瘘管形态和走形。在手术当中应当注意根据手术前评估的情况，尽量寻找所有的内口，给予处理，比如进行挂线，以免造成手术不彻底，或者术后的复发。