干酪乳杆菌有耐酸的作用及抵抗胆汁的作用，可降低血浆胆固醇，增强对病毒的抵抗力，加快清除肠道内细菌，治疗肠道菌群紊乱，从而防止食物过敏和急性腹泻。此外，干酪乳杆菌还可使淋巴细胞增加，使淋巴细胞的噬菌作用明显增强，从而对免疫进行调节，防止肿瘤的发生。干酪乳杆菌还作为益生菌被广泛应用于酸奶等乳制品的产生中。